چاقی و عوارض مرتبط با آن اثرات مهمی بر وضعیت سلامت جامعه می گذارند و عوارض اقتصادی-اجتماعی زیادی در پی دارند. شواهد موجود حاکی از آن می باشد که میکروفلور دستگاه گوارش نقش مهمی در تنظیم تعادل انرژی بدن و کنترل وزن و بیماریهای متابولیک مرتبط با چاقی دارد. میکروفلور روده حاوی حدود 14 10 باکتری می باشد که ژنهای حاصل از آن در حدود 150 برابر ژنوم میزبان می باشد. ترکیب میکروفلور روده در برداشت انرژی از رژیم غذایی موثر است. مطالعات نشان داده اند که در دستگاه گوارش افراد چاق نسبت باکتریهای Firmicutes به Bacteroides برخلاف افراد با وزن نرمال افزایش می یابد. میکروفلور روده افراد چاق، در افزایش التهاب و کاهش حساسیت انسولینی، تغییر در هورمونهای دستگاه گوارش و کاهش احساس سیری، افزایش تولید اسیدهای چرب کوتاه زنجیر و لیپوژنز و کاهش اکسیداسیون اسیدهای چرب نقش دارد. به تازگی مشخص شده است که رژیم غذایی افراد بر ترکیب میکروفلور روده موثر است و می تواند در به هم زدن نسبت طبیعی این باکتریها نقش داشته باشد. مطالعات حیوانی نشان داده اند که رژیم غذایی پرچرب در مقایسه با رژیم غذایی کم چرب باعث به هم خوردن نسبت این دو دسته از باکتریها می شود و از این طریق باعث افزایش وزن حیوان می شود. مطالعات انسانی اخیر نیز نشان داده اند که میزان و نوع کربوهیدرات و چربی مصرفی، فیبرها، آنتی اکسیدان ها به خصوص پلی فنل ها و پروبیوتیک ها بر ترکیب میکروفلور روده، تمامیت دستگاه گوارش، میزان فاکتورهای التهابی و در نهایت وزن بدن و عوارض متابولیک مرتبط با آن تاثیرگذار است. پره بیوتیک ها و پروبیوتیک ها می توانند سبب کاهش جمعیت Firmicutes و به همان نسبت افزایش جمعیت Bacteroides در دستگاه گوارش شوند. به نظر می رسد دستکاری میکروفلور روده، راهی جدید در درمان چاقی باشد، هرچند مطالعات بیشتر در این زمینه قبل از نتیجه گیری نهایی لازم می باشد و پیش از مشخص شدن ترکیب ایده آل میکروفلور روده، مداخلات باید با احتیاط صورت گیرد.